Hoy un amigo me consulto que como hacía para resolver un problema que tenía, ya que había creado una función javascript que implementaba una llamada ajax a un archivo en particular, el cual se encargaba de cargar unas listas dinámicas,dicha función la llamaba desde diferentes partes de su aplicación y tenía el problema con la ruta del script php ya que si llamaba la función desde la raíz la ruta del archivo cambiaba
La solución que le di a mi amigo fue de manejar rutas absolutas, la forma de proceder es la siguiente.
Antes de llamar al script .js tenía que definir una variable javascript que mediante php le asignábamos un valor para que tome una ruta absoluta
<script>
url = "<?php echo "/".basename(dirname(__FILE__))."/admin/creaListas.php";?>";
</script>
Luego en su archivo .js utiliza esta variable, de esta forma el pudo utilizar su función desde cualquier parte de la página.